Myšlenka postavit vodní skútr napadla v šedesátých létech dvacátého století bankéře z Arizony, který chtěl přenést zážitek z jízdy na motokrosovém motocyklu na vodu. Člověk, který se svou myšlenkou dotkl života statisíců lidí na celém světě je Clayton Jacobson II.
Již první prototyp vodního skútru nebyl poháněn přívěsným motorem, ale vnitřním čerpadlem neboli vodometem (pump-jet). Byl vyroben z hliníku a ovládán vzpřímenými řídítky. Jacobson v roce 1965 přestal pracovat v bankovnictví, aby se mohl naplno věnoval rozvíjení své myšlenky. Rok poté dokončil druhý prototyp tentokráte už vyrobený z laminátu.
V roce 1967 byl osloven společností Bombardier Corporation, která vyráběla sněžné skútry pod svou ochranou známkou „SKI-DOO“. Jacobson pro Bombardier vytvořil vodní skútr pro jednu osobu na němž se za jízdy sedělo, známý jako „sedačka“ (sit-down). Bombardier ho uvedl na trh v roce 1968 pod svým názvem „SEA-DOO“. Byl vybaven vzduchem chlazeným jednoválcovým motorem Rotax o obsahu 318cc a výkonu 18 hp. Snad právě díky svému malému výkonu a rychlosti (25-30 mph) mu lidé začali přezdívat „želva“. Hlavní zaměření společnosti Bombardier bylo v této době na daleko větší trh se snězními skútry. Právě proto a díky nedostatečnému zájmu veřejnosti přestala společnost vodní skútry po třech letech vyrábět. Veškeré patenty a práva vynálezce byla předána panu Jacobsonovy v roce 1971 zpět.
Jacobson nadále pokračoval ve zdokonalování svého vynálezu až do konce výhradní licence se společností Bombarier v roce 1971. Den po jejím vypršení odprodal svůj patent společnosti Kawasaki Heavy Industries. Vyvinul pro ni vodní skútr, který byl podobný jeho původnímu konceptu designu, ale s obdobou pozice jezdce. Na tomto stroji při jízdě jezdec stál, byl označován jako „stojka“ (stand-up). Kawasaki uvedla tento stroj na trh v roce 1973 pod označením „JET SKI“. První model WSAA byl poháněn vodou chlazeným dvouválcem o obsahu 389cc. Jacobson a Kawasaki skončili v roce 1976 před soudem. Jacobson žaloval společnost Kawasaki, protože mu předčasně vypověděla smlouvu a nařkla jej, že jeho patenty nebyly k výrobě jejich vodních skútrů vůbec nutné. Společnost Kawasaki se díky tomu stala na déle než dekádu výhradním výrobcem vodních skútrů na světě.
Bylo tomu tak až do roku 1986 kdy Jacobson, podepsal licenční smlouvu se společností Yamaha Motor Company. A ta poté v roce 1987 představila dva typy vodních skútrů pod svými názvy: „WAVE JAMMER“ a „WAVE RUNNER“.
Po úspěších Jet Ski, Wave Runneru a Wave Jammeru se probudil i Bombardier a v roce 1988 znovu uvedl na trh vodní skútry s označením Sea-Doo.
Bombardier později následovaly i další značky jako Polaris Industries a Arctic Cat, oba dva výrobci již od výroby vodních skútrů narozdíl od Hondy upustili. Ta vyrábí vodní skútry Honda AquaTrax od roku 2002.
Jako zatím poslední přírůstek na trhu vodních skútrů se v roce 2005 na trhu objevila rakouská firma Hydrospace, která se v roce 2007 přejmenovala na HSR-Benelli.
